Trường Học Ninja – Shuriken School thuyết minh Sức mạnh, tốc độ, khả biến, nhẩn nại, cân bằng năm yếu tố quyết định phát triển kỹ năng của các môn sinh Trường Học Ninja Shuriken. Eizan Kaburagi một môn sinh lanh lợi và quậy phá hay vướng vào những rắc rối của Trường Học Ninja. Eizan cùng những người bạn của mình giải quyết rất nhiều vấn đề xảy ra trong Trường Học Ninja. Mỗi một tập phim là 1 nhiệm vụ mà các môn sinh phải trãi qua trước khi trở thành ninja thật thụ.