Thư Ký Hoàn Hảo Của Tôi kể về câu chuyện của nữ giám đốc điều hành nghiện công việc Kang Ji Yun. Kang Ji Yun là một người phụ nữ thành đạt, quyết đoán và luôn tập trung vào công việc. Để giúp cô quản lý công việc hiệu quả hơn, cô đã quyết định thuê một người bố đơn thân tốt bụng làm thư ký. Sự xuất hiện của thư ký mới đã khiến cuộc sống và công việc của Kang Ji Yun trở nên rối ren hơn. Tuy ban đầu họ có những mâu thuẫn và xung đột do sự khác biệt trong tính cách và cách làm việc, nhưng dần dần họ đã hiểu và tôn trọng lẫn nhau.